De Stichting Zijper Kerken is op 3 januari 1990 opgericht. De aanleiding was het feit dat in een aantal dorpen van de toenmalige gemeente Zijpe aparte stichtingen waren ontstaan die tot doel hadden om de hervormde kerkjes in de dorpen te restaureren en te onderhouden. Doordat er met vrijwilligers gewerkt werd, hadden deze plaatselijke stichtingen allen dezelfde problemen met het verwerven van kennis, verwerven van subsidies en het uitvoeren van restauratie en onderhoudswerkzaamheden.

De Stichting Zijper Kerken komt dan ook voort vanuit deze plaatselijke Stichtingen, van waaruit de bestuursleden dan ook nog steeds worden benoemd. De Stichting Zijper Kerken heeft de Nederlands Hervormde kerkjes van Burgerbrug, Sint Maartensbrug en Schagerbrug in eigendom genomen en is verantwoordelijk voor het onderhoud van de constructie en buitenzijde van de kerkjes. Gebleven zijn de plaatselijke stichtingen in de dorpjes, in Burgerbrug “de herboren toren”, in Sint Maartensbrug “de klok moet luiden” en in Oudesluis “cultuurkerkje Oudesluis”. Deze Stichtingen onderhouden het interieur van de kerkjes, doen klein onderhoud en het groen aan de buitenzijde en organiseren activiteiten in deze kerkjes om ze een onderdeel te laten blijven van het plaatselijke dorpsleven.